São poucas as maneiras para ir de Cusco para Aguas Calientes (cidade base para visitar Machu Picchu), assim se você não planejar bem, você pode acabar gastando um bom dinheiro sem necessidade.
Para ir de Cusco para Aguas Calientes (cidade base para visitar Machu Picchu) existem três opções:

1. Trem de Cusco para Machu Picchu – Recomendado para quem quer mais conforto, e sabe que terá que pagar um pouco mais.  Preço: Confira os preços aqui.
2. Caminhando pelo Inca Trail – Recomendado para quem quer ter um pouco mais de aventura  e está disposto a pagar caro para isso. Preço: 400-500 dólares, incluso 4 dias de caminhada e entrada, .
3. Onibus local, minivan e caminhada – Recomendado para quem não necessita muito de conforto, quer mais aventura e quer pagar barato! Preço: mais ou menos 30 dólares.

Resumo

Rota: Cusco – Aguas Calientes
Tempo: Entre 10 e 13 horas (ida) – 20 -26 horas (ida e volta)
Custo: 70-80 Sóles (30 dólares) ida e volta
Observação: Nesse trageto você não irá encontrar ninguém de salto alto, ou usando camisa de seda, mas não vai faltar viajantes com um sorriso na cara que fazem de tudo para gastar menos e viajar o quanto mais! Faça bom proveito!

De Cusco  para Aguas Calientes (cidade base para quem quer visitar Machu Picchu)

1. De Cusco para Santa Maria

Na rodoviária Santiago em Cusco compre um bilhete de ônibus para Santa Maria (custa entre 15 e 20 Soles, mais ou menos 8 dólares e demora em torno de 6 horas). Os ônibus saem as 08:00, 13:00 e 20:00. O único horário que não é recomendado é os das 13:00, pois com esse horário você perde as outras conexões. Se você pegar o ônibus das 08:00, você vai chegar pela a noite em Aguas Calientes, seguindo a lógica se você pegar o ônibus das 20:00 você irá chegar em Aguas Calientes na manhã do próximo dia.

2. De Santa Maria para Santa Teresa (Hidroelétrica)

Chegando em Santa Maria, você irá encontrar minivans oferecendo transporte para Santa Teresa (custa entre 15 e 20 Soles, mais ou menos 8 dólares e demora em torno de 3 horas). Compre o bilhete no que chegar, pois assim que forem vendidas todos os lugares a minivan sai na mesma hora e você não quer ficar sem um lugar! Algumas minivans só irão te levar até Santa Teresa e não até a hidroelétrica da onde se começa a caminhada. Caso a sua minivan não vá até a hidroelétrica, irá ter alguma outra minivan oferecendo para te levar até ela.

3. Da Hidroelétrica para Aguas Calientes

Chegando na hidroelétrica, pergunte para o motorista da minivan aonde está a trilha do trem e a direção para chegar a Aguas Calientes. Agora é só caminhar sobre o trilhos em direção a Aguas Calientes (2-3 horas) e se lembrar de sair de cima dos trilhos quando o trem for passar! A caminhada tem bastante verde, é fácil e não tem como se perder.
Enquanto caminhando é uma hora boa para fazer amizades com outros viajantes indo para Aguas Calientes.

4. De Aguas Calientes para Machu Picchu

Ótimo. Você chegou em Aguas Calientes, agora a primeira coisa a fazer é perguntar por acomodações e com certeza você irá encontrar algo que caiba no seu bolso. A segunda coisa a fazer é comprar a sua entrada para Machu Picchu (120 Soles, meia entrada para estudante, mas você precisa ter a carteira de estudante com você! Muita gente compra para estudante em Aguas Calientes achando que se deu bem e quando chega em Machu Picchu tem que pagar a diferença!)
Machu Picchu fica lotado durante a maior parte do dia, exceto bem pela manhã (06:00) e é a essa hora que você quer estar lá! Acorde cedo 04:00-05:00 e comesse a caminhar para Machu Picchu. A caminhada demora entre 30-90 minutos dependendo do seu preparo. Caso você não queira caminhar, você pode pegar o ônibus que vai de Aguas Calientes para Machu Picchu (36 Soles para ir e voltar), o primeiro sai as 05:30 e tem um a cada 30 minutos.
Entrando em Machu Picchu caminhe direto para a sua esquerda, e de lá, caso o não esteja nublado, você verá a clássica vista de cartão postal de Machu Picchu e todo seu esforço foi mais do que recompesado!

Dica1: A montanha Wayna Picchu, que fica do outro lado da entrada, abre as 07:00 e só deixa 400 visitantes entrarem por dia, a vista de lá é sensacional e você não quer ficar fora desses 400! A subida é um tanto ingrime, mas com certeza vale cada gota de suor.

Dica2: Leve algum chocolate (ou algo com açucar) e água para Machu Picchu. Você irá caminhar bastante e é importante estar com energia e hidratado o tempo inteiro.

De Aguas Calientes para Cusco

Acorde cedo (05:00) para caminhar de volta pelos trilho do trem até a hidroelétrica de SantaTeresa. Lá irá ter minivans esperando para te levar de volta a Santa Maria. Em Santa Maria tem ônibus para Cusco saindo as 10:00 e as 14:00. Caso você tenha feito amizades e consegua fechar um grupo de 8-10 pessoas, você pode negociar com alguma minivan para levar o grupo para Cusco. A viagem de minivan para Cusco é o mesmo preço e é muito mais confortável e segura.

Vídeo de quando eu fiz o roteiro descrito acima